Page 62 - 55. Baru ok (Repaired)1 - mumu didi.doc

Gambar 38. Visualisasi Elektroforesis genom pada berbagai kondisi
A. Marker B. genom kondisi baik C. DNA terdegradasi D. DNA kontaminasi RNA E. DNA terkontaminasi protein

Selain Rusak, DNA juga dapat terdegradasi. DNA yang terdegradasi kemungkinan diakibatkan terlalu
kerasnya perlakuan ketika ekstraksi sehingga DNA ikut hancur dan terpotong potong. Biasanya pada
keadaan ini dikarenakan sulitnya bahan yang akan diekstraksi atau terjadi penggumpalan sehingga
membutuhkan perlakuan khusus didalam ekstraksi.
Kontaminasi RNA sering menjadi kendala pada tahapan isolasi DNA. Kontaminasi RNA yang diamati
menggunakan gel electrophoresis ditandai dengan adanya smear di bagian bawah. Kontaminasi ini
dapat terjadi pada isolasi DNA maupun hasil PCR. Kontaminasi protein juga seingkali menjadi
permasalahan ketika isolasi DNA maupun RNA. Kontaminasi ini dapat kelihatan secara nyata melalui
visualisasi gel agarose. Kontaminan akan kelihatan disekitar sumuran. Hal ini dikarenakan protein tidak
dapat masuk kedalam pori pori gel agarose yang lebih kecil. Kontaminasi Protein dapat diatasi dengan
penambahan Proteinase ketika Isolasi DNA, atau hasi isolasi DNA tersebut di Isolasi dengan
penambahan Proteinase.
Kontaminasi genom biasanya terjadi pada PCR yang menggunakan jumlah DNA yang terlalu banyak
sehingga masih kelihatan ketika divisualiasi menggunakan gel agarose, DNA genom akan tampak smear
atau tipis dibandingkan dengan gen target PCR. Posisi berada diatas marker karena panjang genom
tentu jauh lebih panjang dari pada panjang gen PCR target. Kontaminasi lainnya yang dimungkinkan
adalah kontaminasi produk PCR. Kontaminasi ini dikarenakan kecerobohan peneliti, atau terdapat
penggunaan ulang pada microtube/microtipe yang seharusnya bersifat disposable/ Sekali pakai. Ada
kemungkinan peneliti juga tanpa sadar kalau tipnya menyentuh zat lain. Kontaminasi Hasil PCR dapat
dilihat pada visualisasi gambar 39 (kanan)

Gambar 39. Visualisasi Kontaminasi Genom Pada Ekeltroforesis Hasil
PCR Kiri dan Kontaminasi hasil PCR (kanan). (Dokumentasi Lab. Biomol Umsida)

Biologi Molekular “Aplikasi Di Dunia Kesehatan”.