Page 58 - 55. Baru ok (Repaired)1 - mumu didi.doc

dialiri arus listrik dari satu kutub ke kutub yang berlawanan muatannya, maka molekul tersebut akan
bergerak dari kutub negatif ke kutub positif.
Elektroforesis DNA umumnya menggunakan metode elektroforesis gel agarose, dan gel
poliacrilamit, yang memiliki pori yang relatif lebih kecil, biasanya digunakan untuk menganalisis asam amino
atau pada awal perkembanganya sering digunakan sebagai pemisah materi DNA yang memiliki component
nukleotida yang sangat pendek, yang aplikasinya digunakan untuk sekuensing. Gel agarosa dibuat dengan
melarutkan bubuk agarosa dalam suatu buffer (TBE). Agar dapat larut dengan baik, pelarutannya dapat
dibantu dengan pemanasan hingga gel agarosa dalam keadaan cair sehingga mudah dituang ke atas
lempeng, dan sebelum mendingin dibuat sumuran dengan menggunakan Perspex/ cetakan menyerupai sisir
yang ditancapkan pada salah satu ujung gel yang masih cair. Sehingga ketika gel memadat, terbentuklah
sumuran-sumuran kecil. Kedalam sumuran inilah nantinya molekul DNA dimasukkan.
Pada beberapa sampel khususnya DNA, perlu dilakukan pelabelan. Hal ini dilakukan karena pada
dasarnya DNA tidak dapat dilihat secara kasat mata. Hibridisasi antara label dan biasanya terdapat pada
basa nitrogen, sehingga zat yang digunakan untuk pelabelan seringkali bersifat karsinogenik (pemicu
terjadinya kanker) contoh yang sering digunakan adalah EtBr (Editium Bromida) Oleh karena itu,
penggunaan label atau penanda pada analisis biologi molekular harus sangat hati hati.
9.2 Faktor Factor yang Mempengaruhi Elektroforesis

Banyak factor yang harus diperhatikan dalam elektroforesis, misalnya medium penyangga, sampel,
buffer dan medan listrik. Jenis buffer (penyangga/ dapar) yang banyak digunakan antara lain format, asetat,
sitrat barbitone, tris, EDTA dan piridin. Buffer yang digunakan tidak harus mengikat senyawa yang akan
diamati karena akan mempengaruhi kecepatan gerak, tetapi dalam hal tertentu hal ini mungkin akan
menguntungkan, misalnya buffer borat digunakan untuk memisahkan karbohidrat karena dapat membentuk
gabungan yang bermuatan listrik dengan karbohidrat. Karena buffer berperan sebagai pelarut sampel,
penyebaran sampel tidak akan dapat dihindari, terutama pada molekul kecil seperti DNA, asam amino atau
gula.

1. Medium penyangga
Kosentrasi agarosa yang digunakan biasanya berkisar antara 0,5-2%. Ukuran pori gel yang
dihasilkan bergantung pada konsentrasi agarose, semakin tinggi konsentrasi agarosa maka semakin
kecil ukuran pori. Sebaliknya, semakin rendah konsentrasi agarosa maka semakin besar ukuran pori.
Setelah elektroforesis selesai, gel diinkubasi dengan fluorescent.

Tabel 9. Rentangan persebaran molekul DNA

Rentangan atau jarak yang efisien untuk
Kosentrasi agarose (%)
sparasi molekul DNA linear (bp)
0,3 5 - 60
0,6 1 - 20
0,7 0.,8 – 10
0,9 0,5 – 7
1,2 0,4 – 6
1,5 0,2 -3
2.0 0,1 -2
sumber: Theophillus & Rapley, 2003

2. Jenis sampel yang digunakan

Biologi Molekular “Aplikasi Di Dunia Kesehatan”.