Page 61 - 55. Baru ok (Repaired)1 - mumu didi.doc

● Microwave atau hotplate
● Erlenmeyer

Cara kerja
1. Siapkan 1% agarose (volume tank pada tank besar bisa dihitung (berdasarkan buku manual) dan
untuk mini tank biasanya memiliki volume 40 ml, sehingga yang agarose yang digunakan adalah 4
gr.
2. Masukkan bubuk agarose kedalam gelas ukur, kemudian tambah TBE 1x sampai volume menuju 40
ml
3. Pindahkan ke Erlenmeyer supaya mempermudah untuk dipegang (pemrosesan)
4. Masukkan kedalam microwave atur kedalam posisi mendidihkan media set waktu selama 1 menit
5. Kemudian keluarkan dan lakukan homogenasi dengan cara menggoyang goyangkan Erlenmeyer
6. Masukkan lagi ke microwave atur waktu selama 2 menit biarkan hingga mendidih, pastikan
homogen
7. Tunggu hingga suhu sekitar 45 atau 50 C Masukkan ET Br atau sejenisnya kedalam Erlenmeyer
8. Pastikan homogeny dengan cara digoyang goyang
9. Pasang tray (tatakan) dan jangan lupa pasang sisir (comb)
10. Masukkan cairan agarse secara berlahan dan pastikan tidak ada gelembung
11. Biarkan hingga dingin
12. Apabila sudah mengeras maka lepaskan sisir secara pelan pelan kemudian masukkan ke dalam
chamber elektroforesis, pastikan sumuran hasil cetakan dari sisir berada pada sisi negative
(biasanya di bagian atas)
13. Masukkan TBE 1x kedalam chamber sampai agarose terendam sekitar 2 mm
14. Masukkan campuran Loading dye dan DNA yang akan dianalisis dengan perbandingan 1 : 1, (loading
dye biasanya ready dalam kosentrasi 6x)
15. Masukkan campuran secara hati hati dan rata.
16. Running tergantung keperluan, migrasi dapat dilihat melalui loading day yang telah digunakan
17. Visualisasi gel elektroforesis dapat dilakukan dengan menggunakan UV-transilluminator
18. Abadikan pita pita DNA yang terbentuk menggunakan kamera khusus atau kamera biasa yang
kemudian diedit menjadi hitam putih.

Kendala yang sering dihadapi dalam mendapatkan hasil isolasi DNA adalah 1) Sampel DNA rusak, 2)
Sampel DNA terdegradasi, 3) Terdapat kontaminasi RNA, 4) Kontaminasi Protein, 5) Kontaminasi genom
(pada hasil PCR) atau, 6) Kontaminasi hasil PCR (pada isolasi DNA).

Sampel rusak dapat disebabkan oleh beberapa sebab, bisa jadi memang sampel merupakan bahan yang
sulit untuk di ekstrak DNA nya, kegagalan dalam memecah (lisis), metode didalam isolasi DNA (kemampuan
DNA isolation KIT) atau keahlian atau kompetensi praktikan yang melakukan isolasi DNA. Kerusakan DNA
yang diuji menggunakan metode elektroforesis terdeteksi dengan adanya smear yang tidak beraturan.
Untuk lebih jelas dapat dilihat pada Gambar 38.

Biologi Molekular “Aplikasi Di Dunia Kesehatan”.