Page 59 - 55. Baru ok (Repaired)1 - mumu didi.doc

Jenis sampel sangat mempengaruhi hasil elektroforesis, sampel yang sama bisa jadi
memiliki bentuk yang berbeda mungkin menunjukkan hasil yang berbeda pula, bentukan ini
khususnya DNA yang mengkin bersifat coiled, semi coiled, atau non coiled.
3. Suhu
Suhu mempengaruhi dari konformasi DNA yang dielektroforesis, semakin tinggi suhu maka
konformasi dari DNA akan semakin tidak setabil, sebaliknya semakin rendah suhu maka bentuk DNA
akan semakin setabil. Keadaan ini berkaitan dengan ikatan hydrogen yang ada pada basa nukleotida
yang ma
4. Medan listrik
Elektroforesis memerlukan sumber arus listrik yang setabil, arus listrik ini yang menjadi
penarik sampel dan dialirkan melalui larutan buffer. Medan listrik yang tidak setabil akan berakibat
tidak lancarnya jalannya sampel melewati poros yang telah ada. Namun demikian kekuatan listrik
yang digunakan juga menunjukkan hasil yang berbeda pula, semakin tinggi arus listrik yang mengalir
pada buffer maka sampel akan bermigrasi semakin cepat, namun kekompakkan sampel akan
berkurang. Sebaliknya, semakin rendah makan kekompakkan akan lebih baik, namun membutuhkan
waktu yang lebih lama. Arus yang terla lemah justru membuat sampel bermigrasi pada daerah yang
tidak di inginkan

Poliakrilamid terbentuk dari polimerisasi monomer akrilamid dengan adanya N,N’-metilen-bisakrilamid.
Monomer akrilamid terpolimerisasi pada kepala ke ekor membentuk rantai. Konsentrasi gel akrilamid yang
rendah memiliki ukuran pori yang besar sedangkan konsentrasi gel akrilamid yang tinngu memiliki ukuran
pori yang kecil. Setelah pewarna terikat telah dicucipergi, mudah untuk memvisualisasikan DNA dengan
menempatkan gel di bawah sinar ultraviolet. Ukuran sebenarnya dapat ditentukan dengan marker yang
sudah diketahui panjangnya. Molekul DNA berbagai ukuran dari fragmen kecil yang kurang dari 10 bp atau
bahkan kromosom manusia utuh yang memiliki panjang rata-rata 130.000.000 bp. Teknik elektroforesis DNA
sudah berkembang sehingga analisis molekul DNA tidak hanya dapat dilakukan dengan prinsip elektroforesis
liniear.

9.3 Cara Kerja Elektroforesis

Prinsip kerja dari elektroforesis sebenarnya cukup sederhana yaitu memisahkan fragmen atau potongan
DNA yang memiliki panjang berbeda dengan menggunakan medan listrik. Buffer yang biasanya digunakan
didalam elektroforesis ada dua yaitu Tris-acetate EDTA (TAE) atau Tris-borate EDTA (TBE) pada kosentrasi
berkisar 50 mM. Dari segi harga, TBE biasanya agak lebih mahal di bandingkan dengan TAE, akan tetapi TBE
memiliki kapasitas buffer yang lebih tinggi. Voltase yang digunakan untuk running antara TBE dan TAE
biasanya hamper mirip, akan tetapi TAE bermigrasi 10% lebih cepat dibandingkan dengan TBE.
Visualisasi DNA pada gel agarose tidak bisa dilakukan secara langsung. Visualisasi membutuhkan
perwarna dan yang paling sering digunakan adalah dengan menggunakan pewarnaan dye ethidium bromide
(3,8-diamino-6-ethyl-5-phenyl-phenanthridium bromide), ethidium bromide mengikat pada basa nukleotida.
Pengikatan tersebut membuat DNA dapat dideteksi menggunakan metode penanda. Radiasi UV yang dapat
digunakan dan terikat kuat untuk mendeteksi keberadaan Et-Br berkisar pada rending panjang gelombang
260–360 nm dan dipantulkan pada panjang gelombang 590 nm. Alat Elektroforesis gel memiliki beberapa
komponen yang terdiri dari:
1. Comb: digunakan untuk membentuk well pada gel agarosa.
2. Tray: digunakan untuk sebagai cetakan gel agarosa.
3. Chamber: digunakan sebagai wadah gel agarosa.
4. Sumber listrik: digunakan untuk memberi arus saat proses elektroforesis.

Biologi Molekular “Aplikasi Di Dunia Kesehatan”.